Joachim Wegener wurde im Juli 1937 in der Lübecker Straße in Bad Schwartau geboren. Nach der Schule absolvierte er zunächst eine kaufmännische Lehre. Dieser praktischen Ausbildung schloss sich das Studium der Betriebswirtschaftslehre und der Wirtschaftspädagogik an. In den darauf folgenden Jahren war er in den Beruflichen Schulen für Wirtschaft und Verwaltung sowie beim Kultusministerium Schleswig-Holstein tätig. Für seine zudem langjährige herausragende und engagierte ehrenamtliche Tätigkeit im kommunalpolitischen Bereich wurde Joachim Wegener 2013 die Ehrennadel des Kreises Ostholstein verliehen.
Schon früh engagierte er sich politisch in der CDU, der er fast 65 Jahre angehörte. 2019 wurde Joachim Wegener im Beisein von Ministerpräsident Daniel Günther zum Ehrenvorsitzenden des Ortsverbands ernannt. Seine politische Laufbahn startete er zunächst als Stadtverordneter und später als Fraktionschef. Er scheute dabei keine Konflikte. Mit seiner geradlinigen Art eckte er auch gerne einmal an. „Joachim Wegener war ein Politiker vom alten Schlag, der wusste wie man Mehrheiten organisiert“, sagt der amtierende CDU-Fraktionschef Carsten Dyck.Von 1991 bis 2002 war Joachim Wegener, der stets ein strenges Auge auf die Finanzen legte, Bürgermeister der Stadt Bad Schwartau. In seiner Amtszeit organisierte er den Verkauf der defizitären Kurbetriebe an den Asklepios-Konzern – von diesem finanziellen Befreiungsschlag profitierte die Stadt noch Jahrzehnte. Gerd Schuberth (CDU), der von Wegener das Bürgermeisteramt 2002 übernahm: „Er war für mich immer ein Vorbild in Sachen Pflichterfüllung und sparsamer Umgang mit öffentlichen Finanzen.“ In der Ära Wegener, der zudem ein überzeugter Europäer war, wurden auch Bad Schwartaus Städtepartnerschaften mit Villemoisson-sur-Orge (Frankreich) und Czaplink (Polen) geschmiedet. Für seine Verdienste wurde er in Czaplinek sogar zum Ehrenbürger ernannt.
Über Bad Schwartau hinaus war Joachim Wegener von 2003 bis 2013 als CDU-Fraktionsmitglied im Kreistag aktiv. Während dieser Zeit war er unter anderem Vorsitzender des Ausschusses für Schule, Bildung, Kultur und Sport. Außerdem gehörte Joachim Wegener der Mitgliederversammlung des Schleswig-Holsteinischen Landkreistages, der Verbandsversammlung des Zweckverbandes Sparkasse Holstein und verschiedenen Verwaltungs- und Stiftungsräten an. Von 2008 bis 2013 war Joachim Wegener Kreispräsident des Kreises Ostholstein. Dass er damals einstimmig gewählt wurde, zeigte, dass Wegener durchaus auch von seinen politischen Mitbewerbern aus anderen Parteien geschätzt wurde. Sehr gern pflegte er in seiner Amtszeit die traditionellen Beziehungen des Kreises zu den in Ostholstein bestehenden Bundeswehreinheiten.